شهدت مدينة العقبة سلسلة من نظم الإدارة المحلية. مع التقدم المستمر للإدارة المحلية، كان التقدم المستمر في إعطاء المزيد من الاهتمام بالبعد البيئي. خلال المراحل التحضيرية للسلطة منطقة العقبة الاقتصادية الخاصة (ASEZA)، أنشأت محطة العلوم البحرية (MSS) بالتعاون مع سلطة اقليم العقبة وبرنامج رصد المكونات الأساسية للنظام البيئي البحري. المياه والرواسب والمجتمع القاعية والأسماك، وعلى طول الساحل الأردني بأكمله. كان MSS المسؤولة عن تصميم برنامج الرصد والكتابة الاقتراح الذي فاز المشروع وكان مسؤولا عن تنفيذ ذلك.
أعطيت أهمية أكبر لبرنامج الرصد بعد إنشاء منطقة العقبة الاقتصادية الخاصة. وذلك لأن الميل في منطقة العقبة الاقتصادية الخاصة في بناء سياسة إدارة المناطق الساحلية على النتائج العلمية. أيضا نتائج برنامج الرصد تخدم الغرض من وضع لوائح للاستثمار واستغلال البيئة البحرية.
وتشمل أنشطة برنامج الرصد جمع وتحليل عينات المياه من عشرة مواقع الساحلية وموقع خارجي واحد يخدم كمرجع الشهري. ويتم تحليل عينات المياه للمغذيات، الكلوروفيل، ودرجة الحموضة، والقلوية، الأوكسجين المذاب، الإشعاع، والشفافية، ودرجة الحرارة والملوحة. وبالإضافة إلى ذلك يتضمن برنامج الرصد الرواسب في قاع البحار وتعداد البصرية المجتمع القاعية والأسماك في ثمانية مواقع على طول الساحل الأردني من خليج. مخرجات برنامج الرصد هي 12 تقارير شهرية وكذلك تقرير سنوي واحد نصف سنوي واحد.